自古相传的古老预言提到，银河中所有的生命体无不在一个可悲的死循环中生老病死，苟延残喘。每隔五千万年，一支从未知次元袭来的神秘机械军团会扫荡全体文明世界，消灭一切生物并抹*掉自己的存在证据后，留下成片的废墟扬长而去。无数个世代无数的抗争无数的英雄，命运的齿轮却从未曾停止一丝一毫。又一个五千万年即将到来，漫长的历史使得人们又一次忘记了未知的威胁，古老的警世之言言又一次变成了神秘的流言蜚语...............
自从人类被Citidel议会正式承认为星际文明，并获准在Citidel建立大使馆，已经18年了。薛帕德（Shepherd），幽灵机构（Spectre）有史以来的第一名人类成员，面临着一个很难搞定的烫手任务——萨伦（Saren），这个在幽灵机构效力了24年，以无法超越的任务高完成度和高效率被称为最强的幽灵战士的传说人物，竟然叛变了。他某种方法控制类一支杰斯（Geth）机械军团，自立了山头。如果这还不是最坏的情况的话，萨伦对于人类有极强的厌恶感，长久以来他一直站在坚决反对人类阵营的政治立场上，目前的最坏（也是最大）的可能是，萨伦手中的武力即将对人类动手了。作为一个宣誓守护星际和平的幽灵长官，薛帕德不得不肩负起这个看起来难于登天的任务了——打败萨伦
