基本简介

　　无论是执行基准制导路线，从头组装、变型呼叫、或SNP分析，Sequencher都拥有你需要去获取结果的答案。GeneCodesSequencher5.4.44511为深入的转录分析和您的RNA测序数据的基因差异表达集成了综合的袖扣套件。

　　使用GeneCodesSequencher5.4.44511可以很容易的生成您的RNA测序数据的独特可视化，包括自定义曲线和图表，让你在几秒钏内准备好以图形方式显示。equencher是DNA序列分析的工业标准软件。它可以和所有的自动序列分析仪一同工作，并且因为它的极速Contig组装、很短的学习曲线、用户友好的编辑工具，以及卓越的技术支持而众所周知。从差不多15年前释出第一个版本到现在，Sequencher在每个基因专业和制药公司中都应用与于序列分析任务，同时在全球超过40个国家里为数众多的学术和政府实验室中使用。Sequencher被生命科学研究者们使用于许多不同的DNA序列分析应用方面，包括基因*、突变检测、法医的人体辨别，以及分类学等等...

　　Sequencher的能力包括杂合子和SNP的检测和分析，cDNA到染色体DNA的大型间隙对准，比较排序，对置信评分的支持、ORF转换、基因银行特性化导入、以及限制酶映射等等。

功能介绍

　　Sequencher产品特性：

　　SNP检测(SNPDetection)

　　序列装配(SequenceAssembly)

　　序列编辑(SequenceEditing)

　　自动分析(AutomatedAnalysis)

　　矢量微调(VectorTrimming)

　　SNP检测

　　使用Sequencher来进行比较对准以便鉴别和报告SNP以及突变。

　　例如，调用第二峰..功能分析你的所有序列以寻找潜在的杂合子。你可以控制定义一个杂合子的严格度。

　　Sequencher中国总代理

　　在装配总揽中表示出所有杂合子的位置。

　　Sequencher中国总代理

　　你可以从一个杂合子跳到下一个，而仅仅需要在BaseView里面按一下空格键。你还可以观察一致及其参考序列的转换。

　　一致及其参考序列的区别会列在一个可导出的表格内。参考序列确保从一个装配到下一个装配时，SNP的数目保持一致。

　　序列装配

　　Sequencher的装配算法可以将你的DNA片断快速而又准确的装配起来。自觉的工具允许你在数秒内就可以设置好参数并且调整它们。

　　你完全可以不顾方向的装配序列。Sequencher会比较前端和反转补体方向来装配最可能的Contig。

　　将Sequencher的多功能装配工具应用到：

　　确定矢量构造

　　装配病毒和细菌基因组

　　从cDNA库中聚类数以万计的序列

　　将基因变体和一个参考序列做对比

　　创建一个引物地图

　　将cDNA装配成基因组序列

　　以及其他许多项目...

　　Sequencher能够给你足够的信心认为一个序列是绝对正确的。你可以只观察一个序列的色谱图，你也可以从前端或反方向同时查看多个对齐的色谱图。在你的已对齐数据中滚动是很容易的。你可以使用Sequencher的选择工具来高亮不一致或者低质量的区域。

　　自动分析

　　Sequencher可对你的数据进行批处理，这个过程是透明、用户可定义、可恢复的，并且Sequencher从不为了自动化的目的而破坏你科学结论的正确性。

　　当你工作在多个序列时，Sequencher可以：

　　调用第二峰

　　调整矢量

　　调整低质量的尾端

　　创建一致序列

　　恢复到实验数据

　　Sequencher总是管理两份数据，一份编辑过的，一份则是原始的导入数据。当你应用“ReverttoExperimentalData”命令到在你项目中已选定的序列或者在一序列中的选中部分时，你可以撤销所有或者部分编辑动作。

　　自从4.5以后，Sequencher就包含了一个新的自动化工具，“AssemblebyName”。依靠“AssemblebyName”，你可以选择片段名的一部分作为一个共享的标识符，或者说是“装配句柄”。Sequencher就可以将选择和名字自动转换为Contig。例如，仅仅通过一个按钮的点击，你就可以将90个文件，45对前端和反向序列转换成45个根据你的病人编号命名的Contig。装配参数的每个变化都会*你的片段，因此你可以根据克隆编号、日期、引物，或者其他任何你记录在序列名称中的特征，来装配Contig。

　　如果你做了许多排序，你会感激“AssemblebyName”，尤其是在你有许多个带有一个标准引物集的样本序列时。事实上，任何在序列名中具有可用信息人的人，都有可能使用“AssemblebyName”。一些应用包括：

　　用于身份鉴定和人口研究的MHC和线粒体基因排序。

　　候选基因的PCR产品的分析。

　　对保存的跨系统分类物种基因的排序。

　　通过跟踪病毒对抗病毒剂或疫苗的抗药性，对病毒序列进行监控。

　　即使在项目中只有一个Contig，“AssemblebyName”仍然是有用的，因为它确保Contig的名称可以精确的表述样本的名称。如果你有命名为“Bob”的样本，那么正确命名你的Contig并不是什么难事，但但你有象“Bob-2309888762-4321”这样更复杂的名字时，允许Sequencher命名你的Contig是非常有用的。

　　矢量调整

　　自动排序器以基础调用错误生成结果。从DNA库克隆的序列通常包括矢量序列、polyA尾，或其他不相关序列。内含子和引物序列通常会和放大的外显子序列侧面相连。不调整的话，这些污染物会扭曲你的装配和下游分析。Sequencher允许你调整低质量或者含糊的数据。“TrimEnds”将令人误解的数据从序列片段的尾部去除。“TrimVector”将污染序列尾部的特定序列数据移除。“TrimtoReference”剔除超出装配参考序列的序列尾部。

　　在执行一个调整之前，Sequencher会显示一个计划调整的图形描述，这个功能甚至允许你重新定义你的条件。

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