洛克人Zero3［“终极目的”～杰洛的审判时刻～］一只不明来历的宇宙船坠落在一个雪山上。雪儿博士从中探测到与“黑暗精灵”一样的能量源，杰洛在调查时，遇到巨大的思考型机器人“奥米加”(Omega)。三位天王急于毁灭“奥米加”之际，一名自称“拜鲁博士”(Dr.Weil)的科学家中断了双方的攻击。这个一百年前被放逐的科学家宣布奥米加成为尼奥2阿鲁卡地亚的一员。突然，一个貌似X的思考型机器人到场，挑战杰洛斗快找到“黑暗精灵”。
  

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